Ksiądz prałat Zygmunt Malacki urodził się 21 września 1948 roku w Nakorach koło Siedlec. Z rodzinnego domu wyniósł żarliwą pobożność, otwartość na potrzeby bliźnich, silne poczucie więzi rodzinnych, głęboki szacunek dla tradycji, rozumienie wartości pracy i sumienność.
Przed wstąpieniem do Warszawskiego Seminarium Metropolitalnego pracował jako tokarz w Zakładach Mechanicznych im. Marcelego Nowotki na warszawskiej Woli.
Święcenia kapłańskie otrzymał z rąk Jego Eminencji Stefana Kardynała Wyszyńskiego 15 czerwca 1975 roku. Posługę duszpasterską rozpoczął w parafii p.w. św. Wojciecha w Wiązownie. Jego wielką misją stało się duszpasterstwo młodzieży. Tę posługę kontynuował w parafii p.w. Matki Bożej Różańcowej na warszawskim Bródnie w latach 1979 – 1984, gdzie prowadził Duszpasterstwo Akademickie. Stworzył wówczas wspólnotę modlitewno – formacyjną młodzieży, prowadził pielgrzymki, latem i zimą obozy wypoczynkowo – rekolekcyjne.
Zorganizował parafialny teatr, w którym młodzi ludzie mogli rozpoznawać i rozwijać swoje talenty, pożytecznie i mądrze spędzać czas wolny.
We wrześniu 1984 roku mianowany został rektorem Kościoła Akademickiego Św. Anny w Warszawie. Przez czternaście lat kierował tym ważnym ośrodkiem duszpasterskim. Praca w Duszpasterstwie Akademickim była Jego wielką pasją i misją. W latach 1986 – 1998 przygotowywał i organizował Warszawską Akademicką Pielgrzymkę Metropolitalną (dawniej – Diecezjalną), rozwijając jej nową strukturę. Był twórcą Drogi Krzyżowej ulicami Starówki w Wielki Piątek, która wpisała się już na stałe w obchody Triduum Paschalnego w stolicy.
Przez wiele lat dał się poznać jako znakomity organizator, oddany społecznik, kapłan żarliwej wiary, który potrafił wokół siebie skupiać ludzi i inicjować wiele wspólnych działań. W latach 80. stworzył m. in. tym aptekę leków z darów zagranicznych, w której tysiące warszawiaków mogło otrzymać wszechstronną pomoc. Założył Fundację „PRO BONO”, której zadaniem było wypełnianie miłości miłosiernej wobec potrzebujących, a szczególnie dzieci i młodzieży wywodzących się z rodzin w trudnej sytuacji finansowej czy społecznej.
Z oddaniem i szacunkiem dla przeszłości pielęgnował jedną z najpiękniejszych świątyń Warszawy. Przyczynił się – po wielu latach starań – do sprowadzenia z Austrii barokowych organów, które należą do najlepszych w Warszawie i umożliwiają organizowanie znakomitych koncertów. W latach 1993 – 1997 przeprowadził renowację całej elewacji kościoła łącznie z remontem dachu oraz zadbał o uporządkowanie i ogrodzenie terenu przykościelnego. Otoczenie kościoła św. Anny stało się jednym z piękniejszych miejsc starej Warszawy.
Owocem pracy w Kościoła Akademickiego Św. Anny były przygotowywane co roku przez Księdza Zygmunta Malackiego programy duchowe Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymki Metropolitalnej, które wydawane były w formie oddzielnych publikacji: „Ku dojrzałej wierze” (z ks. Ryszardem Moniem, 1991), „Kościół znakiem Chrystusa” (z ks. Januszem Strojnym, 1992), „Być chrześcijaninem” (z ks. Ryszardem Moniem, 1995), „Być człowiekiem sumienia” (1996), „Być z Chrystusem” (1997), „Żyć z Duchem Świętym” (z ks. Ryszardem Moniem, 1998).
Swoje doświadczenia z okresu posługiwania w Kościele Akademickim św. Anny opisał w autobiograficznej książce: „Na służbie u Św. Anny” (1998). Wraz z grupą współpracowników – jako redaktor naczelny – stworzył także niezwykłą opowieść o fenomenie pielgrzymowania: „Ku Jasnej Górze z WAPM. O Warszawskiej Akademickiej Pielgrzymce Metropolitalnej” (1998).
W 1998 roku Ksiądz prałat Zygmunt Malacki rozpoczął posługę proboszcza parafii p.w. św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu. Zaraz po objęciu parafii z wielką ofiarnością zaczął pracować na rzecz upamiętnienia życia, kapłańskiej drogi i męczeńskiej śmierci Ks. Jerzego Popiełuszki. W 1999 roku wydał książkę w nowoczesny sposób popularyzującą życie Ks. Jerzego Popiełuszki (wydaną w czterech językach), skierowaną także do pielgrzymów i turystów licznie nawiedzających grób Kapłana – Męczennika.
Zakończył trwającą wiele lat budowę Domu Pielgrzyma „Amicus” im. Sługi Bożego, a dziś błogosławionego Ks. Jerzego Popiełuszki. W Domu „Amicus” stworzył warunki do prowadzenia szeroko rozumianych działań duszpasterskich, społecznych i kulturalnych dla Żoliborza i Warszawy.
W 2000 roku przebudował prezbiterium kościoła, czyniąc je bardziej funkcjonalnym oraz nadając mu wyrazistą symbolikę religijno-patriotyczną. W tym samym roku rozpoczął prace budowlane w podziemiach świątyni, aby stworzyć przestrzeń do Muzeum Sługi Bożego Ks. Jerzego Popiełuszki. W latach 2002 – 2004 uczestniczył w tworzeniu koncepcji muzealnej ekspozycji i realizacji projektu. Muzeum, które – dzięki wielkim staraniom ks. Zygmunta – jest nowoczesną formą prezentacji życia i posługi Kapłana – Męczennika zostało otwarte 16 października 2004 roku. Do czerwca 2010 roku odwiedziło je ponad 400 tysięcy osób.
W latach 2006 – 2009 przeprowadził remont świątyni, w tym także renowację obrazów oraz kapitalny remont organów. Z jego inicjatywy na kościelnej wieży zainstalowano nowy zegar z kurantem. Ksiądz prałat Zygmunt Malacki zmodernizował i rozbudował zabudowania plebanii, w trosce o jej większą funkcjonalność. Uporządkował teren wokół kościoła przeprowadzając renowację ogrodzenia i kładąc nowy chodnik. W 2010 roku, w związku z beatyfikacją ks. Jerzego Popiełuszki, dokonał ostatnich prac modernizacyjnych w prezbiterium, nadając mu ostateczną, skończoną formę. Równocześnie rozpoczął remont dolnego kościoła. Niestety nie doczekał jego końca.
Ksiądz prałat Zygmunt Malacki współpracował z wieloma organizacjami, urzędami państwowymi i samorządem Warszawy i Żoliborza, a także z Instytutem Pamięci Narodowej, aby na różne sposoby – organizując wystawy, konferencje naukowe, popularne odczyty itd. – utrwalać pamięć o Bł. Ks. Jerzym. Był wielkim propagatorem kultu Błogosławionego Kapłana-Męczennika oraz inicjatorem comiesięcznych Mszy św. z nowenną do bł. ks. Jerzego, które odprawiane są w kościele p. w. św. Stanisława Kostki każdego 19. dnia miesiąca. Parafia zawdzięcza także Ks. Zygmuntowi piękny, symboliczny relikwiarz bł. ks. Jerzego Popiełuszki.
Jako proboszcz żoliborskiej parafii Ksiądz prałat Zygmunt Malacki pełnił funkcję duszpasterza rajców Warszawy. Był duszpasterzem Ludzi Pracy. Piastował również godność Dziekana Dekanatu Żoliborskiego.
Był dobrym gospodarzem i wielką troską ogarniał problemy parafian. Powołał do życia Fundację „BONUM”, która wspomaga przede wszystkim dzieci i młodzież oraz systematycznie udziela pomocy charytatywnej osobom w trudnej sytuacji życiowej. Jako prezes fundacji organizował kolonie letnie, zainicjował i kontynuował działanie świetlicy dla dzieci i młodzieży oraz klub seniora. Wspierał materialnie Polaków mieszkających na Ukrainie.
W ciągu dwunastu lat sprawowania funkcji proboszcza parafii św. Stanisława Kostki ks. Zygmunt Malacki wydał książki na temat Bł. Ks. Jerzego Popiełuszki oraz parafii p.w. Św. Stanisława Kostki: „Kościół pod wezwaniem św. Stanisława Kostki – u grobu Sługi Bożego ks. Jerzego Popiełuszki” (1999), „Sługa Boży ksiądz Jerzy Popiełuszko” (2002). Był współautorem książki o Muzeum Sługi Bożego Ks. Jerzego Popiełuszki: „Muzeum Sługi Bożego Ks. Jerzego Popiełuszki” (2005). Wraz ze swoimi współpracownikami opracował także album dokumentujący 80 lat istnienia parafii p.w. św. Stanisława Kostki w Warszawie: „Zwyczajna niezwyczajna parafia. U grobu Ks. Jerzego Popiełuszki” (2007).
W 2005 roku Ksiądz Zygmunt został finalistą III edycji konkursu „Proboszcz Roku” organizowanego przez Katolicką Agencję Informacyjna oraz Redakcję Programów Katolickich Telewizji Polskiej S.A. W okresie duszpasterskiej służby w kościele p.w. św. Stanisława Kostki na warszawskim Żoliborzu odznaczony został między innymi: wyróżnieniem „Zasłużony dla Warszawy” – za zasługi dla Miasta Stołecznego Warszawy (2006), Złotym Medalem Opiekuna Miejsc Pamięci Narodowej nadanym przez Radę Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa (2006), Medalem „PRO MEMORIA” za wybitne zasługi w utrwalaniu pamięci o ludziach i ich czynach w walce o niepodległość Polski podczas II wojny światowej i po jej zakończeniu przyznanym przez Kierownika Urzędu do Spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych (2009). W czerwcu 2010 roku odebrał Nagrodę Kustosza Pamięci Narodowej dla Muzeum Bł. Ks. Jerzego Popiełuszki przyznaną przez Instytut Pamięci Narodowej.
Śp. Ksiądz prałat Zygmunt Malacki był człowiekiem czynu. Ale przede wszystkim był wspaniałym Kapłanem, Duszpasterzem. Z wielką gorliwością wypełniał kapłańską posługę. Wszelkie Jego działania miały źródło w miłości do Boga, Kościoła, Ojczyzny i wszystkich ludzi, których Bóg postawił na Jego kapłańskiej drodze.
Najszczęśliwszy był w górach. Uwielbiał tatrzańskie szlaki. Tam głęboko doświadczał obecności Boga. Wędrował ze swoimi uczniami i przyjaciółmi. Nierzadko sprawował Eucharystię gdzieś wysoko w górach. Wraz ze swoimi wychowankami postawił krzyż papieski na Przysłopie Miętusim w Tatrach Zachodnich (w rejonie Doliny Kościeliskiej).